你好。我觉得这个部门的讲这话的人错误地理解了土地管理法中关于农村居民只能拥有一处宅基地的规定。那条规定是指在申请和批准宅基地时，一户村民只能拥有一处。你申请和批准时，是两个村，没有违法。现行村和村合并，造成了你成了一个村，这种由于行政村合并造成了你拥有两处宅基地，是历史原因，不能扰这种情况视为违法取得占有宅基地。祝你好运！
