一三六八年,朱元璋登基称帝,元顺帝被迫北走。这时,元朝军队已所剩无几。较大的只有云南的梁王和东北的纳哈出。他们仍沿用元朝年号,雄据一方。纳哈出是元朝世将,曾任太平路万户,太平失守被俘,朱元璋放其北归,元末辽阳行省的最高军政首脑也速北逃。至正二十八年(1368年),也速被明军大败,于是“尽掠莫州残民北遁”。明初辽东共建有定辽左、定辽右、定辽前、定辽后、定辽中、东宁、金州、复州、盖州、海州、辽海、沈阳中、沈阳左等13卫。
1368年朱元璋在南京称帝,建立明朝。当年明军北伐元顺帝逃离北京。1370年明军攻取洮、岷等州,并进克元朝的吐蕃等处宣慰使司都元帅府(脱思麻宣慰司)的治所河州,与此同时,明军另一路攻下元顺帝所据的应昌府,公元1370年,明朝将军邓俞远征甘肃,转战河州,随即来到冰霜漫天的雪域,收服了吐蕃和乌斯藏。元顺帝不久病死,在北元势力大部被歼灭的情况下,原先一直忠于元朝的西北藏族首领才陆续顺应形势归附明朝。1370年河州地区的故元吐蕃宣慰使何锁南普降明,明太祖派人深入乌思藏地区招抚政教首领,六年(1373)置乌思藏卫(今拉萨),属西安行都司;七年(1374)改置乌思藏都指挥使司,简称乌思藏都司。
1377年,邓俞再踏征途,和沐英带领三路大军鏖战昆仑山,与久违的吐蕃人展开了一场大战。胜利后,朱元璋命邓俞赶回南京。在班师的徒中,邓俞将军不幸去世,年仅40岁。1378年,洮州十八族发动兵变,战争重新开始,沐英又重整戎装,踏上了通往吐蕃的大路,秦,豫,京,鲁士兵奋勇当先,初战土门峡即获告捷。在甘肃洮州,中国军队获得全胜,洮州十八族头领全部战败,另获敌军三万人,取牛羊二十万头,可谓战绩辉煌,大明帝国因此拓地千里。朱元璋设置洮州卫,并强调:“洮州,西番门户,今筑城戍守,是扼其咽喉也。”沐英征战犹酣,转年又渡过黄河,在贺兰山以四路合围之势大破北元,生擒国公脱火赤。不久,大将李文忠奉命接管洮州卫。他命令当地头目南秀节大兴土木,扩建洮州卫。
洪武时期,明朝西北疆界达到今新疆东部哈密地区,打败哈密军队。1403年,永乐皇帝在哈密设置一系列卫所。吐鲁番也遣使表示臣服。
明朝没有统一西藏和西域。在东北,辽东是明朝实际控制区域,辽东以外的奴儿干都司被明朝有效控制过30年左右。宣德九年,内迁奴儿干都司到开原,辽宁边墙以外的地区是羁縻自治地区,明朝在那里没有驻军也没有派出官员。西域和明朝基本是没半毛线关系的。西域的范围是阳关、玉门关以西地区。明朝在西北的实际控制范围是到嘉峪关,嘉峪关以西的哈密卫、沙洲卫、赤斤蒙古卫也是羁縻自治地区,明朝同样无驻军无官员。正德时期,吐鲁番占据嘉峪关以西地区,明朝宣布闭锁嘉峪关。对于西藏,得先说明地理位置问题。现在的西藏自治区相当于当时的乌斯藏,而明朝常说的茶马互市中的西番则主要是甘南、西宁、川北这一带,这一带属于明朝实际控制地区,有驻军和流官的。而乌斯藏和明朝只是朝贡关系,明朝在乌斯藏也是无驻军无流官。明初时,邓愈率军也只是打到甘南那一带,而不是深入青藏地区。详细看明朝历史就可以看出明朝根本不参与西藏地方管理,也没什么影响力。其实明朝皇帝定的疆域范围就是东北到辽东、西北到嘉峪关,长城也是围绕这些地方修的。明朝是汉本位的朝代,在明朝皇帝眼里,汉地以外的就是夷,只要不闹事,有朝贡关系就行。
因为元朝的时候那些地就是元朝。明朝顶替了元朝自然顺理成章的接收。一开始蒙古人还在拉拢这些,随着明朝国力慢慢强盛。蒙古人被打败了,又远在草原。靠不住了。所以就归顺大明了。
当时貌似西藏地区没有被收复,但西域各国都是明朝的附属国,东北主要是拉拢女真族