旧剧场版Seele的目的是让亚当和莉莉丝融合引发第三次冲击,或者由获得了S2机关的EVA系列引发,从而使得人类灵魂能被保存,但是在元渡掌控下的Nerv却想用另外的方式,两者于是有了冲突……另外的方式:元渡(其实是和冬月合作)希望通过绫波与莉莉斯的融合去和平地在精神上补完人类,而不是Seele那样会引起第三次冲击的过激的方式,在那之前,元渡又有自己的小算盘……希望能与碇唯相聚m(_ _)m其实一直到最后Seele让战自队进攻Nerv也只是为了能按自己预想的方式补完全人类而不是让Nerv(尤其是元渡)说了算,他们做的一切说到底整个就是争夺补完计划的控制权利……
根据《死海文书》所记载,十数年后一定会引起第三次浩劫,Seele需要所有的EVA去完成《人类补完计划》。他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫,挑动战自攻击NERV,另一方面指挥量产机与EVA作战。Seele使用如此残虐的手段,其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式。
长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯,为了防止人类“最终的悲剧”,将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失,十年后,源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类,但在那之前,源堂希望能与碇唯相聚……
“人类补完计划”实行——除真嗣与明日香之外,全人类失去了物质形态与绝对领域,融合成了一个整体。
SEELE将渚薰送入NERV内部,想先一步引发冲击,实现人类补完计划.但却由于碇原渡的干预行动失败.因此,双方之间就摆明着出现了敌对的关系.