你所说的票据，应该是行政事业单位资金往来结算票据。这个票据应该第一联是存根联，第二联是收据联，第三联是记账联。
财政部对于这个票据先后发过三个管理文件，一个是2010年发布的使用管理暂行办法（财综【2010】1号），一个是2011年发布的补充通知（财综【2010】111号），最新一个是2013年5月发布的加强使用管理的通知（财综【2013】57号），对票据的使用和管理有详细的规定。
你的发票少了一联，但是作废是必须三联完整，加盖作废章的，你先看看你的记账联是不是当时直接做账附在凭证后面了，如果是的话把正确的票据的记账联放进去替换下来。如果不是，确定是丢了，你只能等财政厅来检查核销票据的时候或者自己去财政厅核销票据的时候直接把票号登记核销了。一般核销票据的时候不会每一本都挨着翻的，如果实在运气不好翻到了，就说明实际情况就行了，这个不是非常严重的问题，但是以后工作中也要注意。检查核销票据的时候，财政上更多注意的是发票开具的用途，是否违规开具了经营性用途，因为经营性用途的收入应该开具税务发票。
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