物理系本科毕业生可以报考天文学硕士研究生吗?

可以，物理学专业与天文学是对口专业，不属于跨专业。
中国科学技术大学天文学专业2016年考研招生简章招生目录
专业代码:070400
研究方向

1) 星系宇宙学
2) 相对论天体物理
3) 天文技术
4) 太阳系外行星
考试科目
101 政治理论
201 英语一
617 普通物理A
807 电动力学A
复试科目、复试参考书
复试形式与内容
数学综合和物理综合笔试以及口试
覆盖范围
1) 普通物理：包括力学、电磁学、原子物理
2) 电动力学：电磁现象的普遍规律，静电场和静磁场，电磁波的传播，电磁波的辐射（包括低速和高速运动带电粒子的辐射），狭义相对论。
备注：报考条件:物理类、天文类大学本科毕业的学生 。

没有问题，我本科就是物理系，研究生转天文。
其实天文本科课程和物理系差不多，只不过会稍微多一些xx天文学这些，但相应的四大力学讲的比物理系浅。不过另一方面，xx天文学这些上了研究生也会学（研究生第一年一般不进组做实验，还是上课的）。也就是说你的物理功底比他们强，他们知识面比你宽，但这里的差距可以通过研究生第一年补起来。
有一点需要注意的是，建议通过初试准备复试的时候，适当看一点天文学的东西（比如找一套高等天文学的课件，厄虽然叫高等，其实就是比较严肃的天文学入门，告诉你天文学是干嘛的），这样对复试有帮助。
加油，祝好运

你这属于跨专业的考试，虽然具有相当大的难度，但是是可以报名的，我想你是很有兴趣才去学习的，不然不会选择这个。如果可以，你可以选择你喜爱的学校的研究生招生办咨询，这样才会有更加确切的答案的。加油，祝好运！！！