A、生物进化的实质是种群基因频率的改变，A错误；B、共同进化指不同的物种之间、生物与无机环境之间在相互影响中不断进化和发展，B错误；C、现代生物进化理论的核心是自然选择学说，C正确；D、自然选择决定生物进化的方向，D错误．故选：C．
