很巧我也在用ubuntu12.04和docky！
鼠标移到系统右上角的小齿轮上，单击，然后点击“启动应用程序设置”，看看里面有没有docky这一项，如果有的话，将前面的复选框勾上。
如果没有的话，点击“添加”，然后接下来的三个框中：
名称：Docky
命令：docky
描述：随便填写
开始-程序-启动双击这个选项会弹出窗口然后找到你要启动的程序把快捷方式复制过去就可以了。希望能帮到你
启动应用程序里设置。
