矩阵编写程序的唯一原则就是“平衡”，所以才有尼奥和特工的势均力敌。而且即使尼奥被删除，矩阵仍有后手继续“平衡”，但矩阵没有把“爱情”算在平衡的公式里，或者无法把“爱情”算在工式里，导致尼奥因为爱情重新复活了。这时矩阵的平衡工作出现危机，复活后尼奥杀死了特工，特工得到了尼奥的代码，特工的目的是毁灭一切，这时候矩阵的平衡工作不仅失效自身也受到了威胁。对于尼奥一方，特工的目的成了尼奥与矩阵谈判的唯一砝码，所以尼奥被矩阵重新改造，帮助矩阵用同归于尽的方式杀死特工，矩阵则不在毁灭锡安。也就是说矩阵并不是万能的，也有他控制不了的情况，而且有过好像是4次控制不了，只不过那时候控制不了，他就重新编写程序，自身不受威胁，和这一次不太一样。
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