电泳虽然可以判断DNA分子量大小，但是前提是要求DNA以线性状态存在。如果质粒没有经过酶切，通常是以超螺旋结果存在的，这种结构比线性DNA迁移速度快，通常在电泳时跑在前面。而PCR产物则肯定是线性的DNA。可以将质粒进行单酶切后，再与PCR产物共同电泳，才能比较质粒和PCR产物的大小。
