what do you say?是正确的，标准的句子。what you say?也可以，但是省略助动词一般用在口语中。口语中的句子没有那么严格的语法要求，所以有些词可以省略。what happen?同理。例如英语口语中常用what's up?这个句子连个主语都没有！Long time no see。这个句子完全不合英语语法！但是口语中就可以这样说。
一般来说用
What did you say? 相当于 Pardon。
因为问之前说了什么，所以用一般过去时比较合适。
同理，一般说What happened?
至于助动词，那是习惯用法，记住就行了。
只有What did you say?吧
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