主要的问题在于引物，引物配对的时候，很有可能不在序列的顶端配对，所以得到的序列自然就会少了。如有不懂，可以再问祝你学习进步
正常情况下应该是更长才对，除非是纯化时切错条带了。克隆测序就是为了获得更全面更长的序列。
测序结果里找到引物了吗？一般测序结果，靠近引物的几十个碱基很难测出来。
