基本上不能，通常javascript只能运行于浏览器中，不能操作本地文件，因为安全性的考虑。
但是微软的jscript是可以的，也只能运行于IE上。
你这种情况用开发的IDE修改比较合适，比如eclipse，dreamweaver等。
你的意思应该是浏览器加载html调用js代码来渲染页面吧，js直接修改不了文件的，但是在浏览器中是可以这么做的。不过不建议你这么做，如果出了错还是直接修正问题本身才能治本，在问题的基础之上再加掩饰，带来的将是无穷无尽的后患。
修改文件肯定要用文档编辑器了,我一直用DW，很方便的说，查找方便很好用可以指定文件夹或者站点，还支持正则查找、替换 如图片
你可以用JQ写HTML,这样你的样式也可以用JQ写,
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