我们是小规模纳税人修理厂属于工业，国税要求我们做账，在国税缴税是国税局要求税率3%，这个提税怎么提？

一、
国税缴纳的是增值税，你是小规模，按3%简易征收率计算，需要注意的是，增值税是价外税，不能直接用票面金额乘3%
用你举的例子来说，
5000元开票金额，先分解成收入和增值税额
收入=5000/（1+3%）=4854.37元
增值税额=收入*3%=4854.37*0.03=145.63元
分录为：
借：现金 5000
贷：营业收入 4854.37
贷：应交税费-增值税 145.63
缴纳时，直接分录：
借：应交税费-增值税 145.63
贷：现金 145.63

二、
地税的个人所得税（你单位属于个体工商户吧）
教育附加、城建、地方教附
这三个税种是按增值税额为计税依据的
所以这三个税种计算时，用上面国税的145.63元乘他们相关的税率计算

个人所得税，按你描述，属于核定征收，即按收入的3%计算缴纳
所以也应该按营业收入乘3%，不应该按5000乘3%

你说的损益表的个人所得税计算出来的不同，这个损益表计算才应该是对的，损益表上的收入应该是减去了增值税的（价外税）
如果你们主管地税机关 要求按5000乘3%=150计算，如果无法沟通，那也是没办法的事
你就直接将150元做进损益表就可以了。

你属于小规模纳税人修理企业，本月开票5000元，计算及做账过程如下：
价税合计5000/1.03＝不含税价款4854.37
不含税价款4854.37*3%＝增值税145.63
收取修理费：
借：现金5000
贷：主营业务收入4854.37
应交税费——应交增值税145.63
一般企业计提税金及附加时：
借：主营业务税金及附加17.47
贷：应交税费——应交城建税10.19
应交税费——应交教育费附加4.37
应交税费——应交地方教育附加2.91

我有点不明白，你属于个体工商户吗？为什么个人所得税要按收入计算呢？一般企业都是按个人工资收入计算的个人所得税，属代扣代缴。那如果是税务局要求你们必须按营业收入计算个税的话，那你就只能把个人所得税也计算到税金及附加中了。那么计提的税金及附加分录应为：
借：主营业务税金及附加163.10
贷：应交税费——应交城建税10.19
应交税费——应交教育费附加4.37
应交税费——应交地方教育附加2.91
应交税费——应交个人所得税145.63
（注：如果是按营业额计算个人所得税的话，要按不含税营业额计算。
即，不含税价款4854.37*3%＝应纳个人所得税145.63）。
但是，我不知是不是你理解错误，还是税务局要求你们必须按含税营业额计算个人所得税的？如果是他们要求按含税价算的话，那你也只好照办交纳150元的个税。如果税务局只要求按营业额计算个人所得税，没有强调含税与不含税的话，那就按不含税价计算。

月末结转税金及附加：
借：本年利润163.10
贷：主营业务税金及附加163.10
月末结转收入：
借：主营业务收入4854.37
贷：本年利润4854.37

下月上交增值税：
借：应交税费——应交增值税145.63
贷：银行存款145.63
下月上交税金及附加：
借：应交税费——应交城建税10.19
应交税费——应交教育费附加4.37
应交税费——应交地方教育附加2.91
应交税费——应交个人所得税145.63
贷：银行存款163.10