avr单片机中的C程序？有点看不懂。你大概是有C语言的源程序吧，想把它转换成EX烧录文件，这个工作应该由编译器来完成。例如：AVR STUDIO , IAR等等进入软件后设置好参数，建立工程对源程序编译就生成HEX文件了。
你用的什么开发环境，一般在编译选项里有生成hex文件，你看下是否勾选
