查下精确序列,用酶切一下看看。另像是非特异扩增,提高退火温度1500应该能测通啊。是否跨内含子可以去ncbi blast,查到跨的内含子的长度,然后算一下就行了。一般不会出这种情况。如果怀疑cDNA里面有基因组DNA的污染,可以抽一点基因组DNA做个对照pcr一下就行了。
这是非特异扩增结果吧,一般差别不会这么大的,不行克隆一下去测序看看用的什么做模板?基因组DNA还是cDNA?前者的话极可能是把内含子也扩出来了简单的氨基酸分析可以用DNA STAR