先检查一下你的引物和这两段序列之间的同源性吧。如果把两段序列拼起来，发现两端引物在这段拼接的序列上有其他结合位点的话，很可能是非特异条带的来源。
另外，尝试不同的Tm值，通常只有小片段的话，会建议提到Tm值再做。
通常1.8K左右的片段，普通的taq酶足够完成了，实在不行，找一点热启动酶来试试，能不能减少非特异结合。
但是所有这些都是建立在序列分析结果上，这样才能判断你的a1，b2引物是否适合拿来做over lap PCR。
a b分别扩增回收之后都加一点点做模板，然后直接加两头的primers扩就可以，不过我一般重叠的部分大于30bp，而且用的是比较好的比如long pcr的酶
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