《股东协议》也是一种合同，如果合同是当事人（股东）真实意思表示，且不违反国家强制性法律规定以及不违反公序良俗，合同就有效。
如果《股东协议》对于生效条件或生效期限有特殊规定的，从其规定。
没有进行工商登记，不影响股东在公司内部行使股东权利，不影响股东身份，只是不能对抗第三人。
股东资格法定证明文件：记载于股东名册的股东，可以行使股东权利。保存在公司里的股东名册，证明股东资格的效力最高，是确认股东资格的法定证明文件。
证明股东资格的文件效力依次为：股东名册>工商登记股东>出资证明书（股权证）
如果涉及股权向公司股东以外的第三人转让股权，如果因没有履行通知义务，或者表决程序，在障碍没有排除之前，可能出现合同无法履行的情况，既使履行不能，也并不直接影响协议效力。只是权利人可以选择解除合同，并可以要求对方赔偿损失。
结论：工商登记或者变更登记，并不影响《股东协议》或者《股权转让协议》的效力。
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