主办机构不同：世界杯短池游泳赛是由国际游泳联合会主办。世界游泳锦标赛是由国际泳联总会主办。
参加比赛成员不同：世界杯短池游泳赛参加成员是国际泳联会员。世界游泳锦标赛参加成员游泳国家队运动员。
游泳世界杯一年一次，分站比赛，是让全国各地的泳联会员都能参加比赛，方便参加比赛。
世界杯短池游泳赛（FINA Swimming World Cup）是一个国际系列短池（25米）游泳比赛，由国际游泳联合会主办，参加成员是国际泳联会员。该系列比赛于1989年开始，每年举行分站的比赛，最终获得前三名的运动员可以获得奖金。
世界游泳锦标赛（FINA World Championships），是由国际泳联总会主办的最高级别的大型国际性游泳赛事，主办机构是国际泳联总会。第一届世界游泳锦标赛于1973年举行，1978年至1998年间举办间隔年数屡有变化，自2001年起恢复每2年举行一届。
世锦赛是大赛，仅次于奥运会，各路大神都会参加。世界杯是世界各地的跑站，系列赛，巡回赛。主要是为职业运动员挣收入的，大部分高手都不怎么去，拿了冠军也不怎么样。
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