5V,对于freescal早期的8位和16位单片机一般的都是5V。3.3V是后来为了低功耗开发的一般都是32位的或者较高级的单片机才有的。
两个都可以,不过硬件电路的设计不一样,你可以参考下芯片手册上对于电源设计的说明这个我们用的MC9S12XD系列的单片机就是可以在两种电源间切换的,另外你可以从龙丘的BDM上面看到,BDM有个跳线帽,一端是5v,另外一端是3.3V,两种电源都可以的