酶，是限制性内切酶。每种酶会在DNA上寻找特异的碱基排列，找到后再在特定位置进行剪切，把DNA双链剪短。跑琼脂糖电泳时就会看到，含有酶切位点的DNA变小了，而不含的维持原来大小。这种多态性检测，就是通过观察片段大小判断酶切位点碱基是否有变化。
目前一般的方法是直接测序了
如果酶切，若是你知道多态位点的序列，可以根据这个序列选择内切酶；如果不知道，那就多尝试一下识别位点是4个bp的那几个常用的内切酶吧
我觉得这个应该不难，你做的应该不是一个全新的完全没有信息的基因吧。这样的话，你就可以通过参考已知的数据库里边的信息，找到同源序列或者其他株系的序列，然后看看大概有些什么位点，然后切来看，看能不能切到大小和预期一致的片段。
你在问什么呢
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