js 是否可以判断ios（iphone）系统里是否安装了某个客户端APP应用？

当然可以，不然怎么识别有程序升级或调用其他程序

function ios(){
    var ifr = document.createElement("iframe");
    /***打开app的协议，有ios同事提供***/
    ifr.src = "openwjtr://com.tyrbl.wjtr"; 
    ifr.style.display = "none"; 
    document.body.appendChild(ifr);
    window.setTimeout(function(){
       document.body.removeChild(ifr);
       /***下载app的地址***/
       window.location.href = "http://www.wjtr.com/download/index.html"; 
    },2000)
}

亲测有效，不过未安装app的时候会弹出一个提示，比较不友好。

如果JS的技术够高，并且您的手机越狱过了，没有改系统密码，而且手机常期连网。
那么 JS是可以做到的。
正常的JS都没那个心思去搞这个东西的，他们通常都在想怎么换配件可以赚多点钱之类的！