2012年3月底与公司签订了实习协议至6月30号，6月22日拿到毕业证书，但没有立即让我转正，直到7月1号才与我

劳动合同是合法的。劳动合同工作时间应该是你劳动期限即2012.7.1-2013.6.30
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应届毕业生实习期间不受劳动合同法保护
孙某系某高校2008年应届毕业生。2008年春节后至毕业前，学校安排学生自行实习及准备毕业论文。2008年3月15日经公开招聘，孙某开始在某电子公司工作，该公司为孙某办理了入职手续，双方未签订劳动合同。2008年7月1日孙某正式毕业，领取了毕业证。2008年7月5日，电子公司以孙某不胜任工作为由解除了与孙某的劳动关系。孙某向劳动仲裁机构申诉，要求电子公司支付2008年4月15日至2008年7月5日未签订劳动合同的双倍工资，以及违法解除劳动合同的赔偿金。
经审理，劳动仲裁机构驳回了孙某的全部仲裁请求。
在该案中，孙某未毕业前，仍然是学生身份，不具体劳动合同主体资格，与单位没有建立劳动关系，因此不能受到《劳动合同法》的保护。2008年7月1日孙某毕业，与单位建立劳动关系。但劳动合同法规定，单位可以在一个月内与其签订书面劳动合同，并约定试用期，在试用期内如果不符合录用条件，单位可以解除劳动关系，无需支付解除经济补偿金，也不存在未签合同双倍工作。
应届毕业生未毕业前在公司实习，应当与单位签订实习协议，明确双方的权利和义务，任何一方违约，另一方可以直接起诉到法院来维护自己的权益。