应该不会有问题。
只要你回国,至于如何回国、经停哪里,和他们无关。只要你离境,他们的任务就完成了。
至于你在韩国境内如何,也不是他们关心的。
在首尔转机也不存在问题,只要你不非法入境,他们不会管你因为什么在首尔转机的。
如不相信,请咨询入管局。