先学arcgis，mapgis这个东西已经是落伍的东西了，建议不用再学，顺便再告诉你，搞应用已经很少有公司会要你了，这两个你就算都会也找不到工作，因为这两个是应用，不过是专业基础的东西，你总得学。建议你学一门语言吧java或c#，以后很好找工作的。
ArcGIS在全世界范围内广泛应用，国内各高校开课也必讲。
MapGIS是咱们国产的，但是在国内的影响力一样很大，尤其是这局那局的，基本上必须得用MapGIS。这个软件我没用过，不过我们同学有推荐我使用。
学这个还是结合你专业自身和未来发展方向吧，应该说ArcGIS接触的人多一些，但并不代表实际应用中用的地方多。
另外，问问老师吧，他们对整个行业比较了解，相信能给你全面的解答。
在中国，大部分单位是用mapgis的，两个也差不多，先学会一个吧
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