存货采购过程中的合理损耗是否计入存货成本，主要是看企业的性质，如果是一般工业企业购入存货，则运输途中的合理损耗部分要计入存货的实际采购成本，根据企业存货的具体核算方法不同，具体分为：当企业采用实际成本法核算时，计入原材料科目，当企业采用计划成本法核算时，合理损耗部分计入材料采购科目，计划成本法下由于原材料科目核算的是计划单位成本乘以实际入库数量，所以原材料科目中不含合理损耗部分，入库时最终是将合理损耗部分计入了材料成本差异科目。
按照新准则，对于商品流通企业购货途中的合理损耗也应计入存货成本，不再计入当期损益。
企业在采购过程中发生的除合理损耗之外的物资毁损、短缺等，应区别不同情况进行会计处理： （1）可以从供应单位、外部运输机构等收回的物资短缺或其他赔款，应冲减物资的采购成本；
（2）因遭受意外灾害发生的损失和尚待查明原因的途中损耗，不得增加物资的采购成本，应暂作为待处理财产损溢进行核算，待查明原因后分别处理，或结转计入其他应收款科目，或计入营业外支出科目，或计入管理费用科目等。
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