结婚后两人户口不在一起，怎么办理娃娃证？

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根据《计划生育服务手册》发放管理办法
第二条　《计划生育服务手册》的发放管理适用于夫妻双方或一方户籍在本市行政区域内(除中国人民解放军、武装警察部队现役人员以外)的中国公民。对本市居民涉外生育，涉及香港、澳门、台湾同胞的生育以及归国华侨和出国留学人员的生育，按国家有关规定办理。
第三条 依法登记结婚，自愿生育第一个子女的夫妻，应当在生育前到乡镇人民政府或街道办事处登记，领取《服务手册》，凭《服务手册》享受国家规定的计划生育技术服务基本免费项目以及有关奖励优待政策，办理新生儿落户。
领取《服务手册》时，应当提交结婚证、身份证、户口簿（或户籍证明）和夫妻二寸近期合影照片一张，并如实声明夫妻双方的婚、育情况，填写《婚育状况声明书》。
第四条 《服务手册》的发放管理，以女方为主，根据夫妻双方工作单位所在地、户籍所在地、现居住地以及特殊人群的不同情况，按以下规定办理：
（一）女方有工作单位，单位人口和计划生育工作纳入属地管理，并且单位负责其计划生育管理的，由单位所在地办理，并向户籍地和现居住地出具“已纳入单位管理证明”。单位经营地和注册地分离的，由经营地办理。
（二）女方无固定工作单位，或单位人口和计划生育工作未纳入属地管理，或本人未纳入本单位计划生育管理的（有单位的，本人需提供未纳入管理证明，格式见附二），由户籍所在地按以下规定办理：
1、男女双方户籍所在地均与现居住地相同，由户籍所在地办理。
2、男女双方一方户籍地与现居住地相同，由户籍地与现居住地一致的一方办理。
3、男女双方户籍地均与现居住地分离
（1）男女双方均为农村居民，《服务手册》由男方户籍地办理。
（2）夫妻一方或双方为城镇居民，由女方户籍地办理。
（三）特殊情况的办理
（1）集体户口。夫妻双方都为集体户口的，由女方户籍所在地办理；一方为集体户口，另一方为家庭户口的，由家庭户口一方户籍地办理。
（2）空挂户。夫妻双方都为空挂户的，由女方户籍所在地办理；一方为空挂户的，由另一方户籍地办理。
（3）口袋户。有管理单位的，由原管理单位办理。没有管理单位的，双方均为户口待落的，由女方户口迁出地办理；一方户口待落的，由另一方户籍地办理。
（4）异地婚姻。夫妻双方只有一人户籍在本市且在本市居住，可在本市一方户籍地办理。
（5）现役军人。男方一人为现役军人的，由女方单位或户籍所在地办理；女方为现役军人的，按军队计划生育管理规定执行。
（6）在高校就读的已婚学生。根据国家和省有关规定，夫妻均为高校在校学生且户口都是高校集体户口的，在女方高校集体户口所在地办理；夫妻一方是高校集体户口、另一方是非高校集体户口的（家庭户口或其他单位集体户口，下同），在另一方户口所在地办理；夫妻均为非高校集体户口的，在女方户口所在地办理。办理《服务手册》及生育子女的情况应当纳入该学生的人事档案。

去当地民政局问下。

国家有规定，无论在哪一方办理均可。