用primer premier引物设计软件可以解决。
将基因序列输进去，然后输入引物序列就可以知道PCR产物大小了。
最简单的，用word都行，找到前后引所在DNA的位置，前后一卡，不就是整个片段的大小了吗。不过如果你要软件的话，DNAMAN或者DNASTAR里面的edit sequence找起来会更方便些。前引物只需要复制直接去找就行了，后引物需要把它弄成reverse complement然后再去找。
在你的已知基因序列上是可以找到引物上的全部序列和一部分序列的。比如说前引物对应已知基因的21-40bp，后引物对应于已知基因的821-840bp,那么你的PCR产物大小就是820bp(840-21+1).
用NCBI网站上的blast比对功能也行
你说的这个PCR后片段的大小是指你插入到载体中的目的基因长度，还是整个载体的长度啊？你的问题表述的不明白。
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