既然是计数，就不适合送至AD，应该送计数器的外部时钟输入端。
如果计数的同时非得要读取该信号电压时，建议如下：
信号经放大后，分成两路信号；
其中一路整形后的交流信号或者脉冲信号限流后送至给TIME，作为计数用。
对另外一路信号经行整流滤波，得到的直流电平送至AD，只作为读取电压用。
硬件设计时，需要考虑阻抗匹配问题，信号电平不可超出MCU的VDD电压值。
你的信号频率是多快？msp430的AD最高采样速度就是200ksample/s，最多只能采集100khz以下的信号。实际上采集一个20khz的信号就差不多可以了，再高就不好做啦。
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