原句The villagers depend on the river for their drinking water. It has been seriously polluted.其中的it 指代的是the river,所以为了避免歧义，在定语从句中一般是跟在先行词之后，但也可以放在主句之后，但这时我们一般性不用that引导限制性定语从句，而是用……，which来引导非限制性定语从句，这样结构更严谨。你上面所述的三种句子也不能说不对，只是第二第三句更佳，建议把第一句改成The villagers depend on the river for their drinking water , which has been seriously polluted. 这样就符合老外的思维了，而且这样一改比后两句更好，更道地。
我觉得最后面一句最好，最符合英语使用的习惯。
最后一句更好
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