纸质版和电子版的投标文件的效力从法律层面是一致的，都是书面形式的文件。但是招标文件中已规定两者效力的，从其招标文件的效力。根据你的叙述招标文件已写明两者不一致参考纸质版，所以针对你说的这种情况电子版里的内容是不能作为依据的。
