我觉得用elution buffer没太大的影响，如果你非要觉得不好的话，只能在转化一遍重新提质粒或者抽成干粉再加水。我们一般用水就行。实在不行去测序呀。
提的质粒和空质粒可以比较，如果你插入的基因足够大，实在不行多跑跑。然后看大小比较。
酶切的话还是要看你的酶的活性。要是快切酶的话只要五分钟，要是慢的话要三四个小时。（我用的是takara的） 是不是你酶切的量太少了，我一般50ul的体系要酶切1ug以上的，还要多跑跑，跑个十分钟以上吧。
我也做了个克隆用了很长时间，实在不行就买点贵的酶，能保证一次成功呀。
1.用水不会有太大影响，只是质粒在水中保存不如在elution中稳定，最好还是用试剂盒的elution；2.你提的质粒是连有目的基因的话，可以空载在前，中间是marker，后边重组质粒，一般如果目的基因比较小的话，不会有太多区别，可以双酶切后看条带数：重组质粒酶切后有两条带。3.一般酶切建议：37°C，3-4小时
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