单位为个人缴纳或者个人缴纳比例超过12%的部分，将计入个人的工资、薪金所得，按照规定缴纳个人所得税。比如上海市目前的普通公积金缴存额为职工与企业各交工资总额的7%，如果有补充公积金，比例为工资总额的8%。两项相加，单向缴存的最高额度为15%。如果12%以内的部分可以免征个税，那么超过的3%部分则需要缴纳个人所得税。
需要指出的是，根据《住房公积金管理条例》的规定，对缴存住房公积金确有困难的单位，经本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准后，可以降低缴存比例或者缓缴；待单位经济效益好转后，再提高缴存比例或者补缴缓缴。
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