无偿保管公司的钱在办公室被偷了，也报案了，但老板说：谁知道你有没有真的被偷。 我要怎么证明钱真的被偷

楼主看来你是准备了不少资料了呢。废话不多说，一句话，你不需要证明钱包被偷。如果陈非得说钱包是你偷的话，由陈举证，你不需要证明自己无罪。不过失窃金额达到七千多元，这已经构成犯罪了，是需要检察院提起公诉，不能由陈提起自诉的。等抓到犯罪嫌疑人或者怀疑你就是犯罪人的时候，是由公诉人起诉，由公诉人举证证明，被告人不负证明自己无罪的责任。
新修改的刑事诉讼法在第四十九条新增了一款：“公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。”
所以楼主你放心，无论如何你是不必自证无罪的。
另外，针对楼主的案例，法条你已列举我就不啰嗦了。既然是无偿保管，你只要没有重大过失就无须赔偿。其实本案焦点不会是你担心的要证明自己没偷团款，真正的焦点集中在你是否有重大过失。一般来说，你只需尽到一般人的注意义务就可以说没有重大过失。就按照你列举的理由说基本就没问题了。这时候陈要证明你有重大过失的话就需要他举证证明，按你所说也应该是没有什么证据可证明的，所以说你放宽心。这个案子你是不必承担什么责任的。不过如果真到了陈要你承担赔偿责任的话，基本就是团款追不回来了。不是犯罪人抓不到，就是抓到了没法赔。这时候陈的损失得不到补偿，才需要提起民事诉讼要求你承担保管物丢失责任。但这时候就已经不是检察院提起的公诉，而是陈以自己的名义另外提起的民事诉讼了。
另外，楼主已经赔偿的四千多元，按你所说的情况你是不必承担什么责任的，所以说到时候可以要回来。要不回来的话你就提起民事诉讼，基本上胜诉是没问题的。
希望我的回答能够帮助到你。

写这么长，谁有耐心看完啊。。。
清者自清，时间会证明一切的。。。

操蛋的社会。