其实这两个概念没办法放在一起比较。一种是应用、硬件设施或产品形态，一种是网络协议。
FTP的英文是File Transfer Protocol，从字面上来解释就是文件传输协议，是一种应用层协议，可以在相应的RFC中找到它的详细描述。我们可以通过FTP客户端利用ftp协议向FTP服务器上传/下载数据。
云存储，可以说是一种概念，也可以是一种实实在在的应用，譬如众所周知的iCloud，或者商用的amazon S3，诸如此类的互联网产品都可以归入云存储产品。业界也有云存储的标准，譬如SNIA发布的CDMI规范。很多大型企业都推出自己的云存储硬件产品，如IBM/HP/华为等，相应的，互联网公司或者运营商等会基于这些硬件平台开发自己的云存储服务软件，如百度云、阿里云、以及众多的网络硬盘产品。
云存储产品的客户端或者应用平台，与底层的资源池或者存储节点之间存在着种类繁多的数据交互，有包含应用信息的数据、有网络和控制信令、也有日志等等。也会涉及到很多种协议，如文件服务的NFS和CIFS协议，适用于对象存储的http restful协议，当然也会使用到ftp协议。
云存储这个概念也是从云计算衍伸出来的，百科中有太多的相关知识，可以慢慢了解。
说白了就是云存储是把所有人的文件都放在一个ftp上，可以节省资源，统计数据等，相当于公共汽车，平常的FTP只保存你少数人的资源，相当于私家车
如下为百度百科
云存储是在云计算(cloud computing)概念上延伸和发展出来的一个新的概念，是指通过集群应用、网格技术或分布式文件系统等功能，将网络中大量各种不同类型的存储设备通过应用软件集合起来协同工作，共同对外提供数据存储和业务访问功能的一个系统。 当云计算系统运算和处理的核心是大量数据的存储和管理时，云计算系统中就需要配置大量的存储设备，那么云计算系统就转变成为一个云存储系统，所以云存储是一个以数据存储和管理为核心的云计算系统。
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