差别很大，虽然是都是管乐，巴乌是和葫芦丝的演奏方法类似，音色甜美浑厚，入门简单，但是音域很窄，1个八度左右，演奏的作品很有限。箫与笛子类似，虽然声音有较大差别，音色低沉沧桑，入门较难，音域宽广，可达三个度，大多数作品都能演奏。
传统的巴乌，音域窄、音量小，但音色优雅，常用于独奏、合奏或为舞蹈和叙事歌等说唱伴奏；而笛子是迄今为止发现的最古老的汉族乐器,也是汉族乐器中最具代表性最有民族特色的吹奏乐器。
