公司向A公司借款，然后要支付个B公司，但是A公司直接给了B公司，但是发票又是B公司开的，所以系统里的是要

呵呵，我简单滴说你的陈述，你们本应该付款给B，由B开票给你们，但是A垫付了这笔款~
首先明确你的核算主体，是你自己，不是B也不是A，所以，站在你们的角度来看，B销售商品给你们，形成了对你们的债权；A代你们付了采购款，从而冲掉了B对你们的债权，转为A对你们的债权；你们还钱给A，从而冲销A对你们的债权。
我的建议是，A垫付款，取得A的回单复印件，同时要求B开个收据给你方，将二者作为附件，借记应付账款-B，贷记 其他应付款-A
B开票做相应账务处理，假设是采购货物，则借记库存商品或者原材料 借记应缴税费 贷记 应付账款-B
你方还给A公司钱，将你方付款回单作为附件，借记其他应付款-A，贷记银行存款

1、收到B公司发票时：借：库存商品等
贷：应付账款—B公司
2、因为A公司已给B公司：借：应付账款-B公司
贷：其他应付款：A公司
3、把钱还给A公司：借：其他应付款-A公司
贷：银行存款

要给A