看你要怎么比,和谁比了。
一般ncbi的blast是最常用。登录参考资料里面的网址,根据需要进入需要比对的序列类型,然后把序列放进去就好了。
nucleotide blast: Search a nucleotide database using a nucleotide query
protein blast: Search protein database using a protein query
blastx: Search protein database using a translated nucleotide query
tblastn: Search translated nucleotide database using a protein query
tblastx: Search translated nucleotide database using a translated nucleotide query
先确定外群 下载NCBI数据库里的相近物种特定片段序列 在用软件比对 cluster软件
测完序了么?上NCBI的网站。