DNA解旋酶解开的是氢键，不是磷酸二酯键。解开磷酸二酯键可用限制性内切酶。
在体内进行DNA复制时，需解旋酶的催化，解开碱基对间的氢键；转录时，需RNA聚合酶的作用，既破坏DNA双链碱基对间的氢键，又合成RNA链；若在体外进行PCR扩增DNA片段，则不需解旋酶的催化，只要升高温度，就可破坏DNA双链碱基对间的氢键，使DNA双链解开螺旋；破坏磷酸二酯键，可使用限制性核酸内切酶。
