微生物同人类有关系，而且关系非常密切，人的生老病死都跟微生物有密切的关系。人体疾病和免疫功能很大程度上就是从微生物方面讲的。微生物在环境中可以说是无时无刻无处不在，从与人类的关系来讲也可以分为无害和有害微生物。多数疾病（不是全部）也是由微生物引起的，母婴、血液、性行为、呼吸道、消化道、皮肤接触等多种途径可以致使微生物疾病发生传染。但同时，微生物可以用来生产多种产品，预防、治疗疾病，有些微生物本身就可以直接帮助人体营养代谢或提高免疫力。
所有说在免疫学上来讲，微生物跟人类有相当密切的关系，但应该一分为二地看待，微生物领域本身就是利用有益方面抑制有害途径的原则，免疫领域中微生物同样不能摆脱这一宗旨。
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