游戏简易流程：
爆破事件-->LIZENMBURU发现可疑人物，战斗-->得知东方司令部爆破计划-->前往东方司令部找玛斯丹大佐-->西侧区画下水道，BOSS战-->山贼治退-->东方司令部南侧区画得知奇怪二人组消息-->寻找奇怪二人组-->得知国家炼金术士法格特消息，拜访，寻找炼成铳炼成法-->首都图书馆（附，民家丸太炼成，物品+猫获得）-->大统令室-->中央司令部中右房间对话-->KOKO村，炼成书追迹-->树木练成-->东方司令部与HOKOAYI交谈-->LIZENMBURU,石头-->克鲁斯遗迹追迹被盗的OLIRUHAKON，战斗-->东方司令部受付处受付小姐交谈-->首都司令部后院，肌肉男对话，战斗-->炼成铳完成，法格特家-->LEGURODARIMU，左上民家发生剧情，战斗-->法格特家-->东方司令部西侧区画-->下水道-->nerowon后山，战斗-->法格特家-->东方司令部西侧区画监狱-->WINLI组：把前面7个门全部关上，艾德组：大佐组事件后向左可以得到一只猫，合流后战斗-->法格特家一阶：2个柜子、壁炉、右侧桌子、电话；二阶：最左侧书架、左下石像，右下书架有万能药，进入密室，剧情战斗-->东方司令部，镇压三处暴乱，MAP基美拉全灭-->克鲁斯遗迹-->青色石板前岩炼成-->首都研究所，和非人者战斗后要从塌陷的地方向下跳才有路，尽头就是最终BOSS
详细攻略：
游戏一开始ウィンリィ从顾客家出来，听到爆炸声，于是赶过去帮忙……
画面转到エド兄弟处，两人回到家乡，与某大叔聊了一会后，前往ウィンリィ家，然后アル和前作一样，又收集起猫来了= =|||（顺便得知按R键可以和アル对话，对了解下步要干什么很有帮助），来到ウィンリィ家门口除了收到婆婆的欢迎外，随便还受到ウィンリィ惯例的扳手攻击（不过这次终于抵挡住了），做完定期的机械铠整备后得知有エド兄弟的客人，然后得知村外有个受伤的人，エド3人为救治伤人来到村外，却被3个身份不明的人袭击，战斗胜利后伤人自称是一直以来破坏军队设施的リベラ—レ的一员，而且下次的目标就是东方司令部，拜托把这消息传达给军方后就死了，因为电话线被リベラ—レ的人切断了，只有去イ—ストシティ联络军方了，同时ウィンリィ也不顾反对一起同行。
在前往伊斯德市的列车上遭遇了列车强盗（已经是例行公事了= =|||），一路向右前行，来到车顶又遇到了有当列车强盗兴趣（アル的介绍）的バルド，（其越狱后又继续干回本行？= =|||）轻松解决后到达了イ—ストシティ，来到上方的东方司令部，在マスタング大佐的办公室，刚报告完就发生爆炸，从后门出来检查状况，发现上次事件出现过的神秘女性也在，因为エド的莽撞吓跑了她，エド与大佐等人追了出去，来到下水道，结果在下水道深处只抓到リベラ—レ的喽罗，并没有发现神秘的女性，之后受命去解决テデスコ山的山贼。
刚来到山脚就遭到攻击，来到山腰发现桥已经被破坏了（但是这对炼金术士是无效的，使用丸太卡片），再往上走有泉水可以恢复HP，来到山顶，击败山贼后返回东方司令部，ウィンリィ以正式人员的身份协助军方调查爆破事件，之后决定去イ—ストシティ收集情报，分别与消防栓左边，喷泉后，军刑物所前的人交谈后，在军刑物所前的空地上遇到了ランディ与ケイト，战斗后得知イ—ストシティ东北有个ファゴット邸。
前往ファゴット邸，见到ファゴット后得知其原来也是国家炼金术士，为了得到爆破事件的情报，エド等人接受其的要求：炼成有炼成力的武器。为了获得这方面的知识，来到セントラルシティ的图书馆查看，不过管理员并没有找到有关的书籍，正在郁闷的时候，エド记起一名最强的书虫（= =|||）——シェスカ，于是来到中央司令部的军法会议所（修滋同学还是那么会孽待属下啊= =|||），得知相关的书籍只有大总统管理的书库才有，于是来到2楼的大总统办公室，结果因为书库内的都是国家机密，无缘见到，不过大总统说这种稀少本在别处可能也有，再次向シェスカ打听，得知在一个叫ココ（因为与“ここ（这里）”的发音相同，所以闹出了笑话）的村庄里可能有。
来到ココ，在一家挂满蜘蛛网的店内得知店主收藏了仅存3本中的1本，讨好完店主，并合成出树木卡片后，终于看到了书，得知必要素材为：统，オリハルコン，ウ—ルニウム。先去伊斯德市找ホ—クアイ中尉借到枪，然后到リゼンブ—ル找小男孩取得オリハルコン，但出村子时エド被一男子撞倒，并且偷走了オリハルコン，于是众人追往クルス遗迹。追到クルス遗迹最深处，解决小偷夺回オリハルコン。最后去イ—ストシティ找ランディ与ケイト询问ウ—ルニウム的情报，但他们已经被转属到セントラルシティ的ア—ムストロング少佐摩下，在セントラルシティ中央司令部的中庭与少佐3人战斗胜利后得到最后的素材ウ—ルニウム，就地合成了炼成统。
前往ファゴット邸，演示了炼成统的威力后，ファゴット却询问起ウィンリィ战斗的理由，エド与アル也以此得知ウィンリィ是为了保护大家才战斗的，好不容易回归正题，ファゴット却只让エド去レグロタリア找一名侦探——リュ—ト·ザクソフォン。
刚来到レグロタリア就被先前的神秘女性攻击，胜利后其使用闪光弹逃走了，众人恢复视力后来到西北方的リュ—ト家，其正好不在，同时街上发生了爆炸，赶过去后，ウィンリィ正打算救助伤者，却被一名行迹可疑的士兵推倒在地，エド一人追了出去，同时在少佐救出瓦砾下的小孩时，アル与ウィンリィ遭到リベラ—レ喽罗的袭击，战斗中リュ—ト也赶来帮忙，胜利后リュ—ト加入，少佐返回セントラルシティ。与リュ—ト一起返回ファゴット邸，经过一番情报的组合与分析后，大家认为イ—ストシティ还有可能被袭击。
刚赶到イ—ストシティ就发现那名神秘女性的踪迹，众人赶忙追上去，跟其进了一个仓库，并从她与リベラ—レ喽罗的对话中得知她并不是リベラ—レ的一员，ウィンリィ等人在其有危险时冲上前去帮忙，结果她留下敌人，自己溜了，解决喽罗后赶往下水道最深处解决余党后，返回东方司令部向大佐报告，并从ホ—クアイ中尉处得知神秘女性名叫ヴィオラ·アモ—レ，住在ネルヴォ，也是名机械铠技师。
来到ネルヴォ打听得知ヴィオラ住在村子后的山上，来到ヴィオラ家门前发现她正如村人所说，是个心地善良的人。在她送走小孩后，众人进屋交谈，之后在エド们例牌的搞笑中气氛缓解了，并解除了之前的误会，但是リュ—ト仍然不太相信ヴィオラ。
正在2位机械师在外乘凉聊天时，村子方向传来了爆炸声，ヴィオラ一人赶了过去，众人随后赶到，发现袭击村子的神秘人是因为エド们阻碍了其组织的计划，战斗中发现神秘人竟然是合成兽，击退敌人后众人回到ヴィオラ家休息。第2天一早，2位机械师继续聊天，ウィンリィ得知ヴィオラ的身世，这时エド打算返回东方司令部报告，ヴィオラ也决定同行。
在东方司令部向大佐报告后，与其一同去见ファゴット，来到ファゴット邸发现大门紧闭（使用ダ—クスタ卡片），进到屋内后发现ファゴット不见踪影，并得知ヴィオラ的仇人很有可能是ファゴット，リュ—ト也因为意见不同而离开了队伍。
回到东方司令部后，接到军刑物所发生暴动 报告，众人赶往现场，为了更快镇压暴动，众人分成3组：ウィンリィ、ヴィオラ组，マスタング大佐、ホ—クアイ中尉组与エド兄弟组。先控制ウィンリィ、ヴィオラ组，过第1道门要把下面的7个按钮都关闭，第2道门要同时按下两边的按钮，之后遇到先前的合成兽，击败他后切换到マスタング大佐、ホ—クアイ中尉组，先往上去制御室打开开关，但在下个铁桥处被阻，原路返回后切换到エド兄弟组，在听到大佐的声音后向上行打开开关，切换回大佐处，继续前进，在尽头的楼梯口遇到了会说人话的合成兽，击败敌人后切换回エド处，在尽头的楼梯口遇到了スカ—，打败他后与众人合流，来到上方的房间击退合成兽。
回到东方司令部后，决定再去ファゴット邸搜索ファゴット，在ファゴット邸的1楼没有发现，来到2楼，调查左上角的书架，左下角的柜子后在楼梯处出现了隐藏通路，进入后发现ヴィオラ妹妹リラ的日记，之前的疑惑似乎得到了证实，ヴィオラ急着冲了出去找ファゴット报仇，正在ウィンリィ劝解她时，遭到了リベラ—レ喽罗的袭击，解决敌人后ヴィオラ冷静了下来，回到东方司令部后得知リグロタリア、ネルヴォ、ココ等地的住民发生暴动，并且其中夹有合成兽，在エド等人出发镇压后，我们的マスタング大佐必须面对如山的文件（副官太能干也不是好事呢……）
依次解决3地地图上的合成兽后得知ファゴット在クルス遗迹，返回东方司令部报告后，全员马不停蹄的赶往クルス遗迹。
在クルス遗迹的入口遇到了前来调查的ランディ与ケイト，得知在深处有隐藏入口，在一处有很多跳台的上方墙壁处调查（使用石卡片）出现入口，在地下3层遇到了冒牌成ランディ的エンヴィ—，击退他后来到最深处，却得知一系列事件的始作俑者竟然是リュ—ト？！正当ヴィオラ要去抓捕リュ—ト时，其突然出现，并攻击ヴィオラ，ファゴット为其挡下了致命的一击而毙命，面对エド的质问，其竟召唤出用リラ炼成的合成兽，自己逃脱了，众人怀着悲伤的心情击倒了リラ，从リラ口中得知リュ—ト现在在セントラルシティ郊外的研究所中，回到东方司令部后，ヴィオラ因为上一战的伤而晕倒了，把其在医院安顿好后，众人前往研究所。
一来到研究所就受到合成兽的欢迎，在3楼击退ラスト与グラトニ—后，从右下角的空洞跳下，一路来到最低层，找到了リュ—ト，击败上一作登场过的合成兽后，ヴィオラ登场，再一次彻底消灭合成兽后继续前进，迎来了最后的战斗，辛苦解决最终BOSS后，一切在悲剧的气氛中降下了帷幕……
通关后的事件：
1.首都军部后庭比武大会
2.帮西丝卡到KOKO村买书，一共4册，不要弄错名字了（其中一家点可用素材钻石交换机械铠通信增刊号）
3.东方司令部陪修斯中佐一家玩捉迷藏- -||
4.东方司令部盗贼事件，在东侧区画入口处遇见小偷，回司令部，城内寻找刚才的小偷，西侧区画战斗后事件结束
5.东方司令部图书馆炼成迷宫挑战，要炼成手帐100%才可触发，里面是连续几个连续迷宫，每个迷宫都有一个BOSS，且所有战斗都不能逃跑。第一战：斯堪，战斗时一定要使用命中高的技能，否则就是打不中。第二战：两个基美拉，没什么难度。第三战：流德，稳扎稳打比较好。第四战：两个非人者……先解决拉丝特会比较轻松一点。第五战：自己……技能基本只会用一个艾德式大炮，不过攻防和回避都很强，最好多准备几个天上天下和我威狼剑。
6.LIZENMBURU，WINLI家中，艾德独自上火车取回报告书，结果又遇到万年列车强盗男……等把报告送到中央的时候……发现过期了……去研究所治退基美拉作为交报告的另一形式，一共4只，全部打倒就可以了
7.脱走犯人一起决起事件，艾德和肌肉男一组- -、阿鲁和WINLI一组，剩下一组，三路一起打倒敌人就可以了
8.东方司令部得到万年列车强盗男继续脱走中的情报……解决他……
9.东方司令部南侧区画民家，修补坏掉的花瓶，黏土炼成
10.东方司令部西侧区画空地，和斯堪战斗
11.中央图书馆，帮兰迪选炼金术士资格考试论文材料，选2、1，然后开始实战练习。获胜后去司令部 ，结果两笨蛋忘了带论文……
12.中央司令部东南区画民家，遇到抢匪……获胜后帮主人修补窗户，岩炼成（怎么会是这个- -、）
13.LEGURODARIMU左上民家，炼成水把火熄灭可获得传说的工具
14.东方司令部二阶对枯萎的植物进行黑土炼成，可获得落ち着くミスト
15.中央司令部受付处小姐处获得给少佐的信件，去后庭给他，接受同为肌肉男的挑战书，去东方司令部后庭，去TIDISIKO山看三个筋肉白痴的肌肉表演……
16.中央司令部南侧区画左下民家，修理坏掉的钟，使用水晶炼成
17.LEGURODARIMU左中民家，在花瓶里插上花，获得猫一只
18.nerowon民家，给火炉生火，油炼成，获得猫一只
炼成心得：
金属：追加闪光效果
チタン： 很轻的硬金属 1-1 1-2 1-3 1-4 1-5 1-6
金： 闪着金黄色光辉的金属 1-7 2-7 3-7
クロム： 耐腐蚀性很好 2-1 2-2 2-3 3-1 3-2 3-3
铜： 导电性高的金属 2-4 2-5 7-4 7-5
银： 热传导性高 2-6 4-7 7-6
铅： 容易加工的重金属 4-1 4-2 4-3 5-1 5-2 5-3
青铜： 比起铜更硬一些 3-4 3-5 3-6 4-4 4-5 4-6
铁： 非常坚固的金属 5-4 5-5 5-6 6-4 6-5 6-6
钢： 精练度很高的金属 5-7 6-1 6-7 7-7
プラチナ： 耐久、硬度都很高 6-2 6-3 7-1 7-2 7-3
石：追加混乱效果
アメジスト： 语源是不会醉 1-5 1-6 3-3 3-4 4-6
钻石： 地球上最硬的物质 1-7 5-1 6-1 7-1
小石： 普通的石头 1-1 1-2 1-3 1-4 2-1 2-2
サファイア： 青色的硬宝石 2-3 2-4 2-5 2-6
ルビ-： 红色的硬宝石 3-1 3-2 3-5 3-6
水晶： 六角柱状的结晶 2-7 3-7 4-7 5-7 6-7 7-7
岩： 大石头 5-2 5-3 5-4 6-2 6-3 6-4
翡翠： 美丽的绿宝石 4-1 4-2 4-3 4-4 4-5
琥珀： 石化的树脂 5-5 5-6 7-2 7-3
大理石： 加工过的石灰岩 6-5 6-6 7-4 7-5 7-6
自然：无能效果附加
砂： 细微粒状的石头 3-1 3-2 4-1 4-2
黏土： 有粘性的土 3-3 3-4 3-5 4-3 4-4 4-5
黑土： 含有腐叶土的土 5-4 5-5 6-4 6-5 7-4 7-5
水： 不燃，无毒 1-1 1-2 1-3 2-1 2-2 2-3
ヮィン： 用葡萄所酿造的酒 3-6 3-7 4-6 4-7
油： 不会溶解于水的液体 5-1 6-1 7-1 7-6 7-7
丸太： 容易加工的木材 5-2 5-3 6-2 6-3 7-2 7-3
树木： 地球上绿色的根源 5-6 5-7 6-6 6-7
草： 生命力强的植物 1-4 1-5 2-4 2-5
花： 美丽而又脆弱的植物 1-6 1-7 2-6 2-7
暗黑：毒效果附加
黑曜石： 火山岩的一种 2-1 2-2 2-3 2-3 2-4 3-1 3-2
ブラックペ-パ-： 有原因才产生的黑纸 1-1 1-2 1-3 1-4 1-5
ブラックウッド： 像炭一般的物体 2-6 2-7 3-6 3-7
ブラックパ-ル： 银灰色的珍珠 4-4 5-4 6-4 7-4
ブラックオニキス： 圆圆的漆黑物体 2-5 3-5 4-5 5-5 6-5 7-5
ダ-グジュエル： 闪着怪异光芒的宝石 4-6 4-7 5-7 6-6
ブラックスト-ム： 高密度的黑色石头 4-1 4-2 4-3 5-1 5-2 5-3
ブラックウォ-タ-： 毒性强的黑水 6-2 6-3 7-2 7-3
ダ-グマタ-： 吸收光线的石块 1-6 1-7 3-3 3-4 5-6 6-7
ダ-グクリスタル： 贵重的黑色结晶体 6-1 7-1 7-6 7-7
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