根据法律规定:劳动、聘用合同期满终止,或者职工本人提出解除劳动、聘用合同的,由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金,由用人单位支付一次性伤残就业补助金。一次性工伤医疗补助金本来就是社保支付的,与单位无关,你可以自己到社保局去申请。
办理工伤确实是需要单位配合的,如果单位不配合,你最好在社保部门的指导下办理,具体还是咨询当地社保吧。