根据你目的基因的某一段序列设计引物，普通引物就可以，然后用ChIP拉下来的作为模版，如果扩到了就说明有结合，当然了，如果想得到确切结论一定要设置好阴性对照和阳性对照才可以至于怎么知道转录因子结合的序列，如果没人做过，没有文献支持，那是需要预测的。
