在绿色水稻生产中，防治水稻病虫害可用高效低毒低残留的生物农药，防治虫害可用阿维菌素、吡蚜酮、噻嗪酮等，防治病害可用井岗蜡芽菌、文曲令等；在虫害防治上还可以利用昆虫性诱剂诱杀成虫，减少害虫的基数，在病害防治上可以通过控制肥水增强植株抵抗力，减少病害的发生，如及时烤田、少施氮肥、增加磷钾肥的施用等。
绿色水稻要使用生物杀菌剂，生物杀菌剂“香菇多糖”可以防止多种病害比如说稻瘟病，杀虫剂使用“苏云金杆菌”。
