他是怎么想的？

从你的描述可以知道他是一个精明的人同时也是一个善于玩心计的人。
根据你的描述分析如下：
1）欲擒故纵法 首先取得你的好感博得你的同情降低你对他的戒心然后谋而后动；
2）明知故犯（老牛吃嫩草型）他没有直接和你表达而是通过暗示可以看出他有顾虑，可能是因为有家庭的原因，也可能是因为在办公地方因此他要注意影响的原因，也可能是时机不到需要等待的原因但不管怎么说你要注意了
3）给他汇报工作，他顺势拉着我的胳膊，看见上面有小疙瘩，就询问了起来：怎了，有没有看一看。还摩挲着我的胳膊。从这一点就可以看出他不愧是在人事场上摸爬滚打的人了，做事老辣老套，利用细心和同情来赢取你的好感，但遗憾的是暴露了自己的意图
4）他也知道自己的这些动作不恰当，在我反应过后，他跟我说不要多想，但没有解释，即使我说了些指责他的话，在深夜短信跟我聊了两个多小时，他也没有做任何反驳。可知他明知故犯，明知不可为而为之，对于这样的人我们小心是没有错的，还有既然知道你会误解但为什么不趁机解释还要对你说不要误会呢，其用心显而易见，还有如果自己做的没有错你的第一反应是什么？辩解吧，他呢？——沉默。因此这就要不得不提防了，也不得不思考了。最重要的是你们应该是领导关系，一个领导对下属有好感没有错可是一个领导在深夜陪你聊天就不得不深思了，这简直就是司马昭之心路人皆知啊！
面对这样经常混于人事的人我建议你采取以下的做法：
1）平时在穿着上注意检点，不要过分注重满足自己的虚荣心
2）多了解了解他的事情 以便及时准确的别把握住他的用意何为，如果他是有家室的人也可以利用他的家人来提醒他、制约他。
3）尽量远离他 不要给他单独和你相处的机会
4）好好保护自己或者是尽快找一个男友并让你的领导知道你是有男友的人了
所有这些都是在确保我们的分析是正确的情况下，因此一定要慎重，不然会弄巧成拙的。但防人之心不可无，害人之心不可有望谨记！

看样子不是你的领导就是你的老师之类。年纪大你很多的老男人，这种男人对你这般，只有一个目的那就是想要和你上床。不管他如何对你好对你怎么照顾他对你动手动脚就说明问题了。离他远点，有意无意的说起男朋友。希望你能处理好。

套用那句很时髦的词：暧昧
如你所说，对于一个像他这样事业有所成，且沉浮深厚、处事老道的人。他一定是阅人无数。知道身边的人的品性如何、性格如何。然后他会依此来做出一些在他认为“合情合理”的事情，以满足内心的欲望和冲动。。。
　他是矛盾的，即便他做事深思熟虑，但面对人性当中最具考验的“情感”问题，在已婚男人世界里是非常具有冒险性的。。。
　他是聪明的，看来他对你真的很了解，知道这些行为后，你不知道该怎样做和面对。也许接下来他会有更独特的方式来接近你。。。
　知道了这些，我想，接下来是需要看你自己如何应对了。。。
　祝你好运~

给你分析下条件
一 他是你上司 他男你女
二 年龄肯定大你许多 一看你反应就是小女孩 最多20出头吧
三 看你这么说 应该他已经在你心里取得一定地位 不管是好或者不好的
四 他技术一般般 心急了点 看来也不是最难对付的那种
其实呢 说这么多 说白了 如果没有家室 并且年龄不是太大 那么他为人应该比较轻浮 不过我想不可能 如果他是有家室的人 肯定是想上你的床 这些情况我也指导不了了 看你自己想要的是什么 需要的是什么 你就怎么做好了
有问题 在追问

司马昭之心路人皆知
不管他他是不是有妇之夫
就是要泡你
你要注意了
对这种人敬而远之最好

说实话
这是一个老道的男人
每次他都欲擒故纵
这样的男人是可怕的
是一个喜欢玩弄感情的人
我猜他结婚了
当他拉着你的胳膊的时候
如果是一个真正珍惜感情大气的男人
不会用这样的明显的小动作
去表达他的情感
那些小动作只会暴露出他内心的欲望
每次给你电话
故意不说明白
但是你其实已经明白什么意思
你的第一反应永远是对的
不要听他说没什么
如果他已经结婚
我建议你远离他
如果他没有
那他想和你恋爱
不过可以肯定
他不是一个大气的男人

既然因此来这提问，可以肯定你喜欢他，至少在乎他。呵呵不过你说的不太明白，我先问你几个问题：
1. 你们认识多久了
2. 你们年龄相距多大
3. 你的直觉是怎么告诉你的