重庆市第九人民医院全科医学科为重庆市医学重点学科；儿科和急诊医学科为重庆市临床重点专科；市儿童孤独症康复治疗中心-儿童孤独症专科、肾内科血液净化、胸外科食管疾病为重庆市医疗特色专科，风湿科和神志病科为重庆市中医重点专科建设项目。消化内科、内分泌科、妇产科、普外科、骨科为区级重点专科。
