could you tell me___________A.what the matter is B.what✀s the matter C.the matter is what

答案应该是B，这个虽然是疑问句，但是what's the matter 在这里是宾语从句，tell sb sth ，宾语从句是按正常语序的。

what’s
the
matter的主语就是特殊疑问词what，当特殊疑问词作主语的时候，句子用陈述语序。当这个句子作宾语从句时，仍用陈述语序，所以a和b都是不对的。
c错在时态。当主句是一般过去时的时候，从句也应该是过去的时态。

B.what's the matter 肯定是B 在直接引语改为间接引语中一般情况下从句都要用陈述语序但也有几个特殊的 比如what's the matter / the trouble /up / wrong...?
当从句的主语是who 时也不用陈述语序了 因为who 就是主语后面直接用谓语动词就可。

两个都讲得通，你的理解是对的。A 是说那是一个什么物质；B 是出什么事了。
希望可以帮到你！

习惯用语表达，英语很多句子是不能用语法解释的，需要长期阅读培养英语语感，类似的句子还有Could you tell me what's your name.Could you tell me what's the time by your watch.等等。