医保支付的医疗费不能冲抵医疗赔偿。
理由是：
1、职工的基本医疗保险，在每个自然年度内统筹基金有最高支付限额，该基金的使用会直接影响到职工今后就医时自付部分的比例，因此统筹基金支付的费用亦属于受害人的实际损失，可以向侵害人主张赔偿。
2、由于医疗保险与人身损害赔偿并非同一法律关系，因此受损方就医药费的损害赔偿请求权不因社保机构已报销医药费而抵减，第三人无权基于此而减轻赔偿责任。所以该医疗费不应该扣除医保报销部分。
3、受害人已通过医保支付了部分或全部医疗费，法院在审理计算医疗费损失时，仍不应该扣除此笔费用，应判决由侵权人全额赔偿。至于医保已支付的费用，可由社保部门按“不当得利”直接向当事人追偿。
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