1.施工招标文件“专用条款”已经填写许多内容的行为合法，依据见招标投标法：
第十九条 招标人应当根据招标项目的特点和需要编制招标文件。招标文件应当包括招标项目的技术要求、对投标人资格审查的标准、投标报价要求和评标标准等所有实质性要求和条件以及拟签订合同的主要条款。
2.行为合法，但条款有失公平，你可以向主管部门投诉，或者中标后要求修改。
1、是合法的。我先说明白，你认同了，你再来参与投标。你如果不认同，可以放弃。牵涉到的费用，你可以在投标价里予以考虑，加进去相关费用。
2、既然已经明示，而且投标人已经认同，那签订合同时就不存在更改的问题。
3、如果招标方在招标文件的合同范本中没有明确这部分要求，但在中标后签订合同时，再提出类似要求，那恐怕是要发生分歧，引起争议了。
以上所说，供你参考。
只要双方认可就可以呀
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