系统少扣了一分钱的增值税，这一分钱可以怎样处理？

一般纳税人应该按发票的销项税计算，不会有差额。
小规模纳税人是按发票金额计算增值税，建议计算税金时不要逐笔计算，而是在月底按收入合计将增值税从收入额中分离。
取得收入，借现金，贷销售收入
月末按合计计算增值税（收入合计/1.03）×0.03=增值税额（1000/1.03×0.03=29.13）
贷应交税费-应缴增值税29.13
贷销售收入 -29.13
这样操作就不会形成分别计税与合计计税的差额。供参考。

少交的0.01，建议转入销售收入，
贷销售收入0.01，贷应缴增值税-0.01
这样可以保持累计开票金额=累计销售收入+累计增值税额相等的关系。
做成贷方的负数，也是为了保证贷方发生额的净额是该科目的绝对金额，而不会形成填制报表时再做调整。。
供参考。。

一分钱税务不会再扣了，你处理做营业外收入就可以了。

确实由于进位的设置不同，开票机单张发票计算的加总，和申报时加总计算银行的扣款，会发生小数点的差异，这些你可以选择逐月做调整分录，记到管理费用或财务费用的杂项里去，也可以不予理睬让它挂账，一年到头也不会有一毛钱的，不是什么大问题。

你首先要知道为什么系统会少扣了一分钱？是你自己的凭证和汇总表错了还是你填写纳税申报报表的时候数据写错了？
是你自己的凭证和汇总表错了，改一下就好了，如果是写的报表数据错误，估计你的税控机显示申报未成功吧？
当你发票开具的内容是多项时，可能会因为四舍五入和单独算的有差别。
建议，每月打印当月开票汇总表，将其中的税额和销售额与自己的凭证、科目汇总表对比。一致后按照相应内容填写纳税申报报表

一元钱以下的税款自动减免，不知道你说的少扣一分钱是指什么。