为了检测目的基因是否成功导入 假若标记了X霉素的抗性基因 那么质粒成功导入的个体中就应该能抗X霉素 在X霉素的环境下培养 生存下来的就是成功导入质粒的 这样就能筛选出来成功导入质粒的个体 毕竟成功导入质粒的个体并整合的是少数
通常在质粒上，主要作用是是看质粒是否导入到感受态细胞中。标记基因的位置多位于质粒启动子下游，多克隆位点上有。比较常见的标记基因就是抗性基因。由于实验中的感受态细胞多是有抗性缺陷的，质粒导入的细胞可以在选择培养基上培养。还有就是利用乳糖操纵子，就是在质粒上有代谢乳糖的序列，正好位于多克隆位点上，目的基因导入后破坏了乳糖代谢的序列，细胞无法代谢乳糖，进而可以判断目的基因是否插入到质粒上。
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